CML 双抑制剂 MD —— 初步轨迹分析与模拟质量评估

分析时间：2026-07-09 已完成体系：olv_only (rep_1, rep_2) 分析工具：GROMACS 2023.2 gmx rms / gmx energy

1. 分析范围

目前 9 个 200ns 生产 MD 中，olv_only 体系的 rep_1 和 rep_2 已完成（共 400ns 有效轨迹）。其余 7 个 run 正在并行推进中。

本文档对已完成的两个 replica 进行初步质量评估，确认： - 模拟是否稳定运行（无崩溃/异常） - 温度和压力是否正确耦合 - 蛋白结构是否达到平衡 - 数据质量是否支持后续 MM-PBSA 分析

2. 热力学参数验证

参数	rep_1	rep_2	目标值	判定
温度 (K)	309.996 ± 0.002	310.000 ± 0.002	310 K	✅ 精确耦合
压力 (bar)	0.95 ± 0.19	1.00 ± 0.12	1.0 bar	✅ 正常波动
总能量 (kJ/mol)	-854,938 ± 30	-854,873 ± 23	稳定	✅ 无漂移
总能量漂移 (kJ/mol)	-192 / 200ns	-119 / 200ns	< 1000	✅ 可忽略

结论： V-rescale 温控和 C-rescale 压控工作正常。系统在 NPT 系综下稳定运行，能量守恒良好。

3. Backbone RMSD 分析

olv_only / rep_1

时间窗口	Backbone RMSD (nm)
0-50 ns	0.203 ± 0.022
50-100 ns	0.208 ± 0.024
100-150 ns	0.228 ± 0.030
150-200 ns	0.245 ± 0.022
Last 50 ns	0.245 ± 0.022
Max	0.333 nm
Q3→Q4 漂移	0.018 nm

olv_only / rep_2

时间窗口	Backbone RMSD (nm)
0-50 ns	0.247 ± 0.044
50-100 ns	0.317 ± 0.024
100-150 ns	0.337 ± 0.029
150-200 ns	0.334 ± 0.020
Last 50 ns	0.334 ± 0.020
Max	0.428 nm
Q3→Q4 漂移	0.003 nm

解读

rep_1 在 ~50ns 后达到初步平衡（RMSD ~0.2 nm），150-200ns 略有上升但标准差减小（0.022 nm），Q3→Q4 漂移仅 0.018 nm，收敛良好。
rep_2 RMSD 略高（0.33 nm），说明蛋白采样了一个不同的构象亚态。这在 ABL1 激酶中是正常的——ABL1 有多个构象状态（DFG-in/DFG-out/中间态）。关键指标是 Q3→Q4 漂移仅 0.003 nm，说明在 100ns 后已充分收敛。
两个 replica RMSD 不同（0.245 vs 0.334 nm）正是设计多 replica 的意义：采样不同构象空间区域，增加统计覆盖度。
所有 RMSD 值在 0.2-0.4 nm 范围内，属于激酶类蛋白的正常水平（文献参考值 0.15-0.45 nm）。

4. 质量判定总结

检查项	标准	结果	状态
模拟完成度	200 ns / run	200 ns × 2	✅
温度稳定性	310 ± 2 K	310.00 ± 0.002 K	✅
压力稳定性	1.0 ± 100 bar (瞬时)	0.95-1.00 bar (均值)	✅
能量守恒	无系统漂移	漂移 < 200 kJ/mol / 200ns	✅
RMSD 收敛	Q3→Q4 drift < 0.05 nm	0.003-0.018 nm	✅
RMSD 范围	< 0.5 nm (激酶)	0.25-0.33 nm	✅
构象多样性	多 replica 采样不同态	rep_1 ≠ rep_2	✅

总体结论：模拟质量合格，数据可用于后续 MM-PBSA 自由能计算和轨迹分析。

5. 进度与完成时间预估

当前状态 (2026-07-09 17:00)

体系	rep_1	rep_2	rep_3
olv_only	✅ 完成	✅ 完成	🔄 57 ns (28.5%)
asc_only	🔄 57 ns (28.5%)	⏳ 排队	⏳ 排队
dual_complex	⏳ 排队	⏳ 排队	⏳ 排队

运行策略

双 run 并行：2 个 GROMACS 进程共享 V100 GPU（时分复用）
单 run 性能：~95 ns/day（并行模式）/ ~155 ns/day（单独模式）
GPU 利用率：97%

时间表

阶段	内容	预计耗时	预计完成
当前	olv/rep_3 + asc/rep_1	~36 h	7/11
Pair 2	asc/rep_2 + asc/rep_3	~51 h	7/13
Pair 3	dual/rep_1 + dual/rep_2	~51 h	7/15
Solo	dual/rep_3	~31 h	7/16

全部 MD 完成预计：2026-07-16

MD 完成后的分析出稿：~1-2 天

完成后自动执行 post_md_analysis.sh： 1. 轨迹提取与 PBC 校正 2. RMSD / RMSF / 氢键 / 接触分析 3. MM-PBSA 自由能计算（150-200ns 区间，每体系 100 帧） 4. 出版级图表生成 5. Methods / Results 稿件章节生成

预计全部产出（分析+出稿）完成：2026-07-18